物性研究所のスーパーコンピュータが新しくなり、１４日から試験運用がはじまった。主に使用するマシンはシステムＢ（kashiwa）。SGI Altix ICE 8400EX/3840 CPU。１CPUあたりのコア数は4なので全部で１５３６０個のコアを持つ超並列計算機である。
この一週間、このマシンとの格闘に明け暮れていた。最初の関門はプログラムのコンパイル。インテルのコンパイラのコンパイルオプションのチェックからはじまって、数値計算ライブラリの指定、ＭＰＩ並列計算のテストバージョンの構築、実行試験・・・。
最初は勝手がわからず、かなりストレスの溜まる作業であった。２日目になって、ようやくシステムの全貌がわかりかけ、３日目になってまともそうなアプリケーションが構築でき、それからはチェックのための再コンパイルとテスト計算の嵐であった。その甲斐あって、安定に、早く計算が実行できるアプリケーションが構築できたような気がする・・・おそらく。しかしこの程度の作業で済んだのは、事前にLinuxマシンで同じような作業をしていたことが大きい。ハードディスクのクラッシュで手元のシステムを再構築したことが、スーパーコンピュータでの作業の思わぬ予習となったようだ。あまり経験したくは無いですが。
旧マシンがリプレースのために今年４月に利用停止になってからというもの、満足のいく計算が困難な状態が長く続いた。
私の研究分野にとっては計算機が実験装置。
これが無ければ仕事にならない。
日頃、マシンとネットワークの維持管理に苦労されている我がホームグラウンドの情報処理センターのスタッフ、物性研究所電子計算機室のスタッフに感謝するのみ。
2010年7月5日月曜日
マシンが起動しなくなった
【マシン】
月曜日、メインで使っていたマシンが起動しなくなった。日曜日は自家用電気設備点検のための作業停電であった。 作業時に、「パルス電流が流れてマシンを壊した」のではないか、とはO氏の指摘。内蔵HDで組んだRAID1がやられていて、一切、起動しない。「まぁ、バックアップ用に用意していた外付けのHDがあるさ」
このように考えたのには訳がある。ちょうど１年と３ヶ月ほど以前、システムを構築した折、cronで組み込んだ自動バックアップソフトが、内蔵HDの更新内容を定期的に外付けHDに保存してくれる設定にしてあったのだ。RAIDに加え、それと別系統のバックアップ。正に磐石の構え。「システムクラッシュよ、どこからでもかかってきなさい！」月曜日以前の、私の「驕り」、「傲慢」以外、なにものでもない。
驕り高ぶっていた私は気楽に考えて、さっさとFedra10のシステムをあきらめ、Fedra12をインストールした。一通り作業が終わり、外付けHDをマウントする・・・・マウントできない。「認識しない！」冷や汗が出てくる。
どうやっても認識しない。
外付けHD単体で他のマシンに接続してもダメ。丸一日潰してあれこれ試し、それでもダメ。とうとうあきらめ、しょうがないので一からFedra12でシステムを組む事にした。emacsを入れて、TeX系の環境を整え、YaTeXを入れて、emacsでのlookupと辞書環境を整え、incscapeも入れて、インテルのC++とf90コンパイラそれに数値演算ライブラリのmklを入れて、mpich2で並列計算環境を構築し、その上で仕事で使う第一原理計算コードをコンパイルし、動作チェックとチューニングを施し・・・・・・・
その後、土曜日までかかって、なんとか正常な環境を取り戻すことに成功した。日に２時間程度の作業として、２時間×６日＝１２時間。一から復旧したにしてはそんなに悪くない数字と思う。OSもFedra10からFedra12へとバージョンアップできた。画面表示も美しい。快適な環境に大満足である。
「（システム構築能力の）良いリハビリにもなったとでも思おう」まるでイソップの「酸っぱいブドウ」のように、自らの都合の悪いことに対して適当に自己防衛するが如く、とりあえず作業の労を納得する。
明日からは計算データの復旧作業（再計算）だ。
【インターバル】
月曜はOSのクラッシュにもめげず、１０ｋｍを３７分９秒で走りきることができた。最近は４００ｍや８００ｍの全力疾走、続けてジョグ、再び全力疾走、といったインターバルトレーニングを積極的に取り入れている。
火曜日には４００ｍの全力疾走で、１分２８秒を記録することができた。マシンのクラッシュといった理不尽なストレスへを不満をぶつけるかのように走ったことが功を奏したのだろう。
このタイムを５回も繰り返すことができれば結構良いレベルのはずだが、実際には、日に、せいぜい１、２回が限度。その後、５回ほど、連続してタイムトライヤルに挑んだが、１分３３秒の壁をどうしても越えることができない。トレーニング後、腿の表側と裏側、ちょうど大腿骨に近い付近にじーんとした弱くうずくような軽い痛みを感じた。ここしばらくほとんど感じたことの無かったあの筋肉痛だ。
インターバルトレーニングの効果を実感するとともに、このトレーニング方法の語学や仕事などへの応用の可能性に大いに気づかされた。うまくやれば、あと数分、１０ｋｍのタイムを縮めることも可能かも！？
【プール】
１日はプールの公開日であった。一日遅れの２日。５０ｍコースをクロールでゆったりと泳ぐ。８００ｍほど泳いだところで、こんどは平泳ぎにスイッチ。最後にまたクロールで１００ｍを全力で泳ぎきる。昨年に比べてかなり推進力が増強されていると実感できた。これに美しい水泳フォームを身につけることができれば、かなり良い線までいくはずだ。あとはターンか。
月曜日、メインで使っていたマシンが起動しなくなった。日曜日は自家用電気設備点検のための作業停電であった。 作業時に、「パルス電流が流れてマシンを壊した」のではないか、とはO氏の指摘。内蔵HDで組んだRAID1がやられていて、一切、起動しない。「まぁ、バックアップ用に用意していた外付けのHDがあるさ」
このように考えたのには訳がある。ちょうど１年と３ヶ月ほど以前、システムを構築した折、cronで組み込んだ自動バックアップソフトが、内蔵HDの更新内容を定期的に外付けHDに保存してくれる設定にしてあったのだ。RAIDに加え、それと別系統のバックアップ。正に磐石の構え。「システムクラッシュよ、どこからでもかかってきなさい！」月曜日以前の、私の「驕り」、「傲慢」以外、なにものでもない。
驕り高ぶっていた私は気楽に考えて、さっさとFedra10のシステムをあきらめ、Fedra12をインストールした。一通り作業が終わり、外付けHDをマウントする・・・・マウントできない。「認識しない！」冷や汗が出てくる。
どうやっても認識しない。
外付けHD単体で他のマシンに接続してもダメ。丸一日潰してあれこれ試し、それでもダメ。とうとうあきらめ、しょうがないので一からFedra12でシステムを組む事にした。emacsを入れて、TeX系の環境を整え、YaTeXを入れて、emacsでのlookupと辞書環境を整え、incscapeも入れて、インテルのC++とf90コンパイラそれに数値演算ライブラリのmklを入れて、mpich2で並列計算環境を構築し、その上で仕事で使う第一原理計算コードをコンパイルし、動作チェックとチューニングを施し・・・・・・・
その後、土曜日までかかって、なんとか正常な環境を取り戻すことに成功した。日に２時間程度の作業として、２時間×６日＝１２時間。一から復旧したにしてはそんなに悪くない数字と思う。OSもFedra10からFedra12へとバージョンアップできた。画面表示も美しい。快適な環境に大満足である。
「（システム構築能力の）良いリハビリにもなったとでも思おう」まるでイソップの「酸っぱいブドウ」のように、自らの都合の悪いことに対して適当に自己防衛するが如く、とりあえず作業の労を納得する。
明日からは計算データの復旧作業（再計算）だ。
【インターバル】
月曜はOSのクラッシュにもめげず、１０ｋｍを３７分９秒で走りきることができた。最近は４００ｍや８００ｍの全力疾走、続けてジョグ、再び全力疾走、といったインターバルトレーニングを積極的に取り入れている。
火曜日には４００ｍの全力疾走で、１分２８秒を記録することができた。マシンのクラッシュといった理不尽なストレスへを不満をぶつけるかのように走ったことが功を奏したのだろう。
このタイムを５回も繰り返すことができれば結構良いレベルのはずだが、実際には、日に、せいぜい１、２回が限度。その後、５回ほど、連続してタイムトライヤルに挑んだが、１分３３秒の壁をどうしても越えることができない。トレーニング後、腿の表側と裏側、ちょうど大腿骨に近い付近にじーんとした弱くうずくような軽い痛みを感じた。ここしばらくほとんど感じたことの無かったあの筋肉痛だ。
インターバルトレーニングの効果を実感するとともに、このトレーニング方法の語学や仕事などへの応用の可能性に大いに気づかされた。うまくやれば、あと数分、１０ｋｍのタイムを縮めることも可能かも！？
【プール】
１日はプールの公開日であった。一日遅れの２日。５０ｍコースをクロールでゆったりと泳ぐ。８００ｍほど泳いだところで、こんどは平泳ぎにスイッチ。最後にまたクロールで１００ｍを全力で泳ぎきる。昨年に比べてかなり推進力が増強されていると実感できた。これに美しい水泳フォームを身につけることができれば、かなり良い線までいくはずだ。あとはターンか。
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